不久，黄帝重整军队，重振军威，再次与蚩尤对阵。黄帝一马当先，领兵冲入蚩尤阵中。
这一战，双方都伤亡惨重，尸横遍野，血流成河。战斗结束后蚩尤要往后方撤退，士兵们把伤兵都抬走后，阿普（苗语：公公）蚩尤对身边的阿普军师说：“我们不能丢下战死在这里的弟兄不管，你用点法术让这些好弟兄回归故里如何？”阿普军管说：“好吧。你我改换一下装扮，你拿‘符节’在前面引路，我在后面督催。”
于是阿普军师装扮成阿普蚩尤的模样，站在战死的弟兄们的尸中间，在一阵默念咒语、祷告神灵后，对着那些尸体大声呼喊：“死难之弟兄们，此处非尔安身毙命之所，尔今枉死实堪悲悼。故乡父母依闾企望，娇妻幼子盼尔回乡。尔魄尔魂勿须彷徨。急急如律令，起！”原本躺在地上的尸体一下子全都站了起来，跟在阿普蚩尤高擎的“符节”后面规规矩矩向南走。敌人的追兵来了，阿普蚩尤和阿普军师连手作法引来“五更大雾”，将敌人困在阵里……。因是阿普军师所“司”（实施、作意）之法术让大家脱的险，大家自此又把他叫“老司”；又由于阿普老司最后所用的御敌之实乃“雾术”，而“雾”笔画太多难写，于是改写成一个“巫”字取而代之。其实，这巫字也是个象形文字：上面一横代表天或者雾，下边一横则代表地，而中间的那一竖就表示“符节”了；竖的两边各有一个人字，右边那个代表阿普蚩尤，左边那个代表阿普老司，意思是要两个人联合起来才能作巫术。
蚩尤这次施龙法术，喷烟吐雾，把黄帝和他的军队团团罩住。黄帝的军队辨不清方向，看不清敌人，被围困在烟雾中，杀不出重围。就在这危急关头，黄帝灵机一动，猛然抬头看到了天上的北斗星，斗柄转动而斗头始终不动，他便根据这个原理明了指南车，认定了一个方向，黄帝这才带领军队冲出了重围。
这样，黄帝和蚩尤一来二去打了七十一仗，结果是黄帝胜少败多，黄帝心中非常焦虑不安。这一天，黄帝苦苦思索打败蚩尤的方法，不知不觉昏然睡去，梦见九天玄女交给他一部兵书，说：“带回去把兵符熟记在心，战必克敌！”，说罢，飘然而去。黄帝醒后，现手中果真有一本《混元阳经》。打开一看，只见上面画着几个象形文字，“天一在前，太乙在后。
黄帝顿然悟解，于是按照玄女兵法设九阵，置八门，阵内布置三奇六仪，制阴阳二遁，演习变化，成为一千八百阵，名叫“天一遁甲”阵。黄帝演练熟悉，重新率兵与蚩尤决战。
为了振奋军威，黄帝决定用军鼓来鼓舞士气。他打听到东海中有一座流波山，山上住着一头慢兽，叫“夔”，它吼叫的声音就像打雷一样。黄帝派人把夔捉来，把它的皮剥下来做鼓面，声音震天响。黄帝又派人将雷泽中的雷兽捉来，从它身上抽出一根最大的骨头当鼓槌。传说这夔牛鼓一敲，能震响五百里，连敲几下，能连震三千八百里。黄帝又用牛皮做了八十面鼓，使得军威大振。
为了彻底打败蚩尤，黄帝特意召来女儿女魃助战。女魃是个旱神，专会收云息雨。平时住在遥远的昆仑山上。
黄帝布好阵容，再次跟蚩尤决战。两军对阵，黄帝下令擂起战鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一响，声音震天动地。黄帝的兵听到鼓声勇气倍增；蚩尤的兵听见鼓声丧魂失魄。蚩尤看见自己要败，便和他的八十一个兄弟施起神威，凶悍勇猛地杀上前来。两军杀在一起，直杀得山摇地动，日抖星坠，难解难分。
黄帝见蚩尤确实不好对付，就令应龙喷水。应龙张开巨口，江河般的水流从上至下喷s而出，蚩尤没有防备，被冲了个人仰马翻。他也急令风伯雨师掀起狂风暴雨向黄帝阵中打去，只见地面上洪水暴涨，波浪滔天，情况很紧急。这时，女魃上阵了，她施起神施，刹那间从她身上放s出滚滚的热浪，她走到哪里，哪里就风停雨消，烈日当头。风伯和雨师无计可施，慌忙败走了。黄帝率军追上前去，大杀一阵，蚩尤大败而逃。
蚩尤的头跟铜铸的一样硬，以铁石为饭，还能在空中飞行，在悬崖峭壁上如走平地，黄帝怎么也捉不住他。追到冀州中部时，黄帝灵感突现，命人把夔牛皮鼓使劲连擂九下，这一下，蚩尤顿时魂丧魄散，不能行走，被黄帝捉住了。黄帝命人给蚩尤戴上枷栲，把他杀了。害怕他死后还作怪，便把他的身和埋在了两个地方。蚩尤死之后，他身上的枷栲才被取下来抛掷在荒山上，变成了一片枫树林，那每一片枫叶，都是蚩尤枷栲上的斑斑血迹。
从此，黄帝一统中原，奠定了华夏文明的基础，他不仅是物质文明的始祖也是精神文明的始祖，华夏族的后人多把炎帝和黄帝并称，所以他们自称炎黄子孙，同宗同脉，同根同种。
但是后人都知道在这个过程中，《混元阳经》起到了莫大的作用，后世传言，黄帝将从蚩尤部落缴获来的诸多神兵利器，武功心法和财物收集起来，再加上本部落的一些财物分赏给有功之人，但是自己手下包括诸多子女个个都不愿再涉足杀伐，纷纷选择归隐山林，黄帝也觉