《晋书·食货志》记载司马懿、邓艾创建的淮南淮北屯田说：
“今淮北二万人、淮南三万人分休，且佃且守。水丰，常收三倍于西，岁完五百万斛以为军资。六、七年间，可积三千万斛于淮土，此则十万之众五年食也。……逆北临淮水，自锺离而南、横石以西，尽泚水四百余里，五里置一营，营六十人，且佃且守。兼修广淮阳、百尺二渠，上引河流，下通淮颍，大治诸陂于颍南颍北。穿渠三百余里，溉田二万顷，淮南、淮北皆相连接。自寿春到京师，农官兵田，鸡犬之声，阡陌相属。”
司马懿和邓艾所进行的大规模的屯垦，对促进北方经济的恢复和发展，特别是对增加曹魏的财力，支持与东吴的战争，起了重要的作用。
嘉平三年(251年)六月，司马懿病，夜间常梦见贾逵、王凌为崇。八月，司马懿去世，享年七十二岁。
当年九月，司马懿被葬于河阴，谥文贞，后改为文宣。晋武帝受魏禅，给司马懿上尊号为宣皇帝，称其陵墓为高原，庙号高祖。
司马懿为人“内忌而外宽，猜忌多权变”(《晋书·宣帝纪》)，曹操知其“有雄豪志”(《晋书·宣帝纪》)，闻他有狼顾(身不动而回头看)之相，把他召来，先让他朝前走，然后让他回头看。司马懿居然能脸正朝后而身仍不动。又曾梦见三马同食一槽，醒后很不高兴，对曹丕说：“司马懿非人臣也，必预汝家事”(《晋书·宣帝纪》)。于是便想予以处置，亏得曹丕跟司马懿关系好，常常保护他，才得以幸免。
晋明帝时，王导侍坐，晋明帝问起晋前世得天下的具体情形，王导不加隐饰地叙述了司马懿创业时的业绩和种种猜忍手段，又说起司马昭在高贵乡公时的所作所为，晋明帝大惭，把脸埋覆在床上说：“若如公言，晋祚复安得长远”(《晋书·宣帝纪》)！
唐太宗李世民曾为《晋书·宣帝纪》作史论，指出了司马懿在性格、军事、政治等多方面的矛盾或曰不平衡。原文如下：
夫天地之大，黎元为本。邦国之贵，元首为先。治乱无常，兴亡有运。是故五帝之上，居万乘以为忧；三王已来，处其忧而为乐。竞智力，争利害，大小相吞，强弱相袭。逮乎魏室，三方鼎峙，干戈不息，氛雾交飞。宣皇以天挺之姿，应期佐命，文以缵治，武以棱威。用人如在己，求贤若不及；情深阻而莫测，性宽绰而能容，和光同尘，与时舒卷，戢鳞潜翼，思属风云。饰忠于已诈之心，延安于将危之命。观其雄略内断，英猷外决，殄公孙于百日，擒孟达于盈旬，自以兵动若神，谋无再计矣。既而拥众西举，与诸葛相持。抑其甲兵，本无斗志，遗其巾帼，方发愤心。杖节当门，雄图顿屈，请战千里，诈欲示威。且秦蜀之人，勇懦非敌，夷险之路，劳逸不同，以此争功，其利可见。而返闭军固垒，莫敢争锋，生怯实而未前，死疑虚而犹遁，良将之道，失在斯乎！文帝之世，辅翼权重，许昌同萧何之委，崇华甚霍光之寄。当谓竭诚尽节，伊傅可齐。及明帝将终，栋梁是属，受遗二主，佐命三朝，既承忍死之托，曾无殉生之报。天子在外，内起甲兵，陵土未乾，遽相诛戮，贞臣之体，宁若此乎！尽善之方，以斯为惑。夫征讨之策，岂东智而西愚？辅佐之心，何前忠而后乱？故晋明掩面，耻欺伪以成功；石勒肆言，笑奸回以定业。古人有云：“积善三年，知之者少，为恶一日，闻于天下。”可不谓然乎！虽自隐过当年，而终见嗤后代。亦犹窃钟掩耳，以众人为不闻；锐意盗金，谓市中为莫睹。故知贪于近者则遗远，溺于利者则伤名；若不损己以益人，则当祸人而福己。顺理而举易为力，背时而动难为功。况以未成之晋基，逼有余之魏祚？虽复道格区宇，德被苍生，而天未启时，宝位犹阻，非可以智竞，不可以力争，虽则庆流后昆，而身终于北面矣。